初期条件は境界条件と同様に重要です。しかしながらFlowsquareでは初期条件を、以下に説明するgrid.txtで設定した初期値及びbc.bmpにて設定した境界条件に基づいて自動的に決定します。 以下に現れるcmodeはgrid.txtで設定され、0: 非反応、1: 予混合反応、2: 非予混合反応、 及び 3: 亜音速・超音速モードです。
- pres0: 圧力 (Pa)
- uin0: x方向（横方向）初期速度
- vin0: y方向（縦方向）初期速度
- rho0: 初期密度 (cmode=0 & 3)
- temp0: 初期温度 (cmode=1 & 2)
- scalar0: 初期mixture fraction (cmode=2)
境界条件ファイル bc.bmp にて白い領域には全て上記の値が初期値として設定されます。ほとんどのケースではこのような初期条件の設定で十分ですが、特殊なケースでは別ファイルで初期条件のみを設定する必要がある場合があります。そのような特殊なケースの場合、ic.bmpという名前のビットマップファイルを用いて初期条件を別途設定できます。初期条件 ic.bmp の画像サイズはシミュレーション領域サイズと同等であるべきで（grid.txtにてnxとny格子点数の領域を設定の場合、nx × nyピクセルの画像を用意）が, このサイズが一致しなくてもFlowsquareは自動的に補間するので問題ないありません。初期条件もbc.bmpと同様に色で条件のタイプを指定しますが、すこし異なる点もあります。
- 色 (R,G,B): 初期条件タイプ
- █ 黒 (0,0,0): 壁。速度はゼロに設定される。壁温度が設定されない場合、壁での温度はtemp0となる。
- █ 青 (0,0,255): 青い領域はuin1, vin1, rho1 (cmode=0, 3), temp1 (cmode=1, 2), scalar1 (cmode=2)と設定される。境界条件とは異なり、この条件は領域縁及び領域内で使える。
- █ 赤 (255,0,0): 赤い領域はuin2, vin2, rho2 (cmode=0, 3), temp2 (cmode=1, 2), scalar2 (cmode=2)と設定される。境界条件とは異なり、この条件は領域縁及び領域内で使える。
- █ 緑 (0,255,0): 移動壁。
- █ 桃 (255,0,255): 純粋空気（予混合反応性流体のみ）
- █ 黄 (255,255,0): 追加のスカラー初期条件
初期条件ファイルic.bmpで設定したフィールドデータはシミュレーションの開始（0タイムステップ）でのみ考慮されます。そのあとは、領域は支配方程式、及び境界条件によって決定されます。